近期，有雇主咨询：其合作的独立承包商提交了一份载有新雇主识别号（EIN）的W-9表格。在此情况下，雇主应如何为2020年度申报1099表格？是应当分别开具两份1099表格（一份使用旧EIN，另一份使用新EIN），还是仅使用新EIN开具一份即可？

根据美国国税局（IRS）的相关指引，当独立承包商更新其EIN后，雇主在申报1099表格时，应使用承包商当前有效的税号，即新EIN。无需为同一纳税年度分别开具两份1099表格，因为这样可能导致重复申报或数据不一致，增加税务处理复杂度。

具体操作上，雇主应确保在2020年度的1099-NEC（非雇员补偿）或1099-MISC表格中，填写承包商最新的EIN。若承包商在年度中途更新税号，且雇主已按旧EIN申报过部分款项，则建议与税务顾问确认是否需要更正已提交的表格，但通常只需在最终申报中使用新EIN汇总全年支付总额。

此外，雇主应妥善保存承包商提交的新W-9表格，以备查验。若对税号变更时间点或申报要求存疑，可咨询专业税务人士或参考IRS出版物（如Pub. 15-A）。